乾隆十三年(1748年)进行了大规模的修建,并仿五塔寺而建石雕金刚宝座塔。同时新建木、石、砖三联牌楼。其中石牌楼最为精致,雕刻极细,是典型的清代风格。北京的砖牌楼只有碧云寺这一例.碧云寺砖牌楼,从其形制看,其仍属于琉璃牌楼一类.碧云寺石坊为四柱三间冲天柱式,两侧共有四座石雕影壁屏风,它该算是北京影壁最多的牌楼.

碧云寺石坊屏风的芯板刻有佛像、石狮。牌楼石柱满雕云纹,柱顶为石兽。夹杆抱鼓石,雕刻细腻浑圆大方,在北京的抱鼓石中堪称第一。楼顶的瓦檐及斗拱均为整块汉白玉雕刻而成。其雕刻技法和风格与金刚宝座塔浑然一体相得益彰.